Um antigo clã de ninjas ameaça a paz de todo o mundo, caberá a Naruto e seus amigos impedir o clã Shirogane. Entre os personagens disponíveis que poderão ser destravados ao longo do jogo estão alguns dos favoritos do anime e do mangá, como o próprio Naruto, o estrategista Shikamaru, Rock Lee, o mestre Kakashi (e sua versão mais jovem Kakashi Gaiden), Guy, Sasuke, Neji e o vilão Kisame entre outros.