Um novo conto chega quando Naruto enfrenta diferentes desafios para defender a Hidden Leaf Village e as aldeias vizinhas da força do mal que tenta dominá-la. Uma organização antiga, que se pensava ter sido dissolvida, está viva e em busca de orbes para ressuscitar um terror mecânico. Agora depende de Naruto e todo o Hidden Leaf Genin unir forças com os da Hidden Sand Village para impedir essa ameaça.