Depois de se pegar com os lutadores da Capcom, os heróis da Marvel se preparam para um novo confronto com personagens de outra empresa. Em uma parceria com a Electronic Arts, a gigante dos quadrinhos empresta heróis clássicos como Wolverine, Homem-Aranha, Coisa e Elektra para quebrar um pau com novos personagens criados especialmente para o jogo e uma história em quadrinhos de edição limitada.